Александр Марков - Эволюция. Классические идеи в свете новых открытий
Ученым еще предстоит сложить эту захватывающую мозаику в стройную картину. Как происходит генетическая дифференциация при отсутствии физических барьеров в пределах этого ограниченного бассейна? Как связаны морфологическая и генетическая дифференциация? Наконец, какую роль играл человек в этих процессах? В данном случае на все эти вопросы можно ответить, если хорошенько взяться за дело: ведь объект исследования замечательно четко очерчен во времени и пространстве.
—————
Глава 5
Новые гены, новые признаки
В предыдущих главах мы уже познакомились с несколькими примерами появления эволюционных новшеств. Внимательный читатель заметил, что новые гены и новые признаки могут возникать разными способами. Пожалуй, нам пора эти способы систематизировать, чем мы сейчас и займемся.
Желание классифицировать все и вся, свойственное людям, не всегда соответствует реалиям окружающего мира — многообразие природных явлений не обязано быть четко структурированным. Однако классификации нужны нам самим для лучшего понимания природы. Они помогают заархивировать большой объем информации. Для приматов с ограниченной рабочей памятью это на редкость полезная адаптация. Но, как и у многих других адаптаций, у нее есть нежелательные побочные эффекты. Один из них — склонность смешивать условные, выделенные для удобства группировки с реально существующими природными объектами. Мы попробуем не попасться в эту ловушку и не будем относиться к нашей классификации как к чему-то объективному и строгому. Удобно выделить шесть основных способов приобретения инноваций.
• Мутации в белок-кодирующих областях генов, меняющие функцию белка. Именно таким путем малярийный плазмодий приобрел устойчивость к хлорохину, бактерии — к антибиотикам, а хомячки Песчаных Холмов обзавелись светлой маскирующей окраской.
• Мутации в регуляторных областях генов, приводящие к тому, что белок не меняется, но начинает синтезироваться в других количествах, при иных условиях или в других частях организма.
• Дупликация (удвоение) генов с последующим разделением функций между копиями. Дупликация — частный случай амплификации, т. е. умножения числа копий. Причиной амплификации могут быть сбои при копировании («ошибочная» повторная репликация одного и того же участка ДНК) или активность мобильных генетических элементов. Бывают и полногеномные дупликации, когда удваивается весь геном (например, из-за нерасхождения хромосом при мейозе). Другое название полногеномной дупликации — полиплоидизация (полиплоид — организм с более чем двумя хромосомными наборами).
• Перекомбинирование фрагментов генов и белковых молекул.
• Горизонтальный перенос: заимствование генов или генных комплексов у других организмов.
• Симбиогенез: объединение нескольких организмов в единый «сверхорганизм» (при этом может происходить массированный перенос генов одного из симбионтов в геном другого).
В последние годы биологи расшифровали много конкретных случаев появления эволюционных новшеств каждым из этих способов. Мы ознакомимся с несколькими поучительными примерами.
Изменения белок-кодирующих генов
ЗАКОН НЕОБРАТИМОСТИ ЭВОЛЮЦИИ ОБЪЯСНЕН НА МОЛЕКУЛЯРНОМ УРОВНЕ.
Закрепление мутаций в белок-кодирующих областях генов, может, и не самый распространенный способ появления эволюционных новшеств, зато самый понятный и очевидный. В предыдущих главах мы уже рассмотрели примеры таких событий. Здесь мы познакомимся еще с двумя случаями, из которых следуют интересные выводы общего характера.
Первый пример связан с идеей о необратимости эволюции. Она была высказана несколькими авторами, включая Дарвина, еще в XIX веке и с тех пор часто обсуждалась. Такие дискуссии обычно опираются на общефилософские идеи и примеры из палеонтологии и сравнительной анатомии («некоторые наземные позвоночные вернулись в воду, но обратно в рыб не превратились — стало быть, эволюция необратима»). Между тем вопрос важен для понимания базовых свойств эволюции, таких как соотношение в ней случайного и закономерного. Если бы любое изменение можно было обратить вспять, то естественный отбор мог бы быстрее и эффективнее оптимизировать строение организмов, подгоняя их под условия среды без оглядки на их эволюционную историю. Действительно, если какой-то путь оказался неудачным, можно вернуться к началу и попробовать пройти снова другой дорожкой. Необратимость большинства эволюционных изменений, напротив, свидетельствовала бы о том, что эволюционная история накладывает жесткие ограничения на возможности дальнейшей эволюции. Впрочем, оценить степень необратимости того или иного эволюционного события на практике трудно.
В 2009 году Джозеф Торнтон из Орегонского университета и его коллеги на примере глюкокортикоидного рецептора позвоночных (ГР)[67] в деталях изучили вопрос, как и почему эволюционные изменения белка могут стать необратимыми (Bridgham et al., 2009). Исследователи использовали целый арсенал новейших методов. Начали они со сравнения аминокислотных последовательностей 60 рецепторов стероидных гормонов разных организмов. Они реконструировали эволюционную историю ГР и восстановили аминокислотную последовательность этого белка, какой она была в важнейших узлах (точках ветвления) эволюционного дерева позвоночных.
Выяснилось, что ключевые события в эволюции ГР произошли 400 млн лет назад и были приурочены к отрезку между узлами дерева, соответствующими: 1) разделению предков хрящевых рыб и прочих челюстноротых позвоночных; 2) разделению линий лучеперых и лопастеперых рыб (предки последних по совместительству являются также и предками наземных позвоночных).
Восстановленные аминокислотные последовательности, соответствующие этим двум узлам, авторы назвали AncGR1 и AncGR2. Первый белок был у последнего общего предка челюстноротых (к челюстноротым относятся хрящевые рыбы, костные рыбы и их потомки — наземные позвоночные). Обладателем второго белка был последний общий предок костных рыб и тетрапод, который жил на 40 млн лет позже.
Затем авторы искусственно синтезировали гены ГР этих давно вымерших предков и заставили их работать в культуре клеток китайского хомячка. Вместе с «воскрешенными» генами ГР в клетки был внедрен заимствованный у светлячков ген фермента люциферазы, благодаря которому светлячки светятся. Регуляторная область этого гена была сконструирована таким образом, чтобы синтез люциферазы зависел от активности ГР. В результате можно было по силе свечения оценивать эффективность реагирования ГР на те или иные стероидные гормоны.
Выяснилось, что белок AncGR1 был слабо специализированным рецептором, который реагировал на широкий круг так называемых минералокортикоидов. Он реагировал также и на кортизол, но слабо. Белок AncGR2, напротив, был специализированным рецептором, избирательно реагирующим на кортизол (как и современные ГР человека и других наземных позвоночных).
При переходе от AncGR1 к AncGR2 за 40 млн лет эволюции в белке произошло 37 аминокислотных замен. Ключевую роль в смене функции рецептора сыграли две из них. Первая (замена серина пролином в позиции 106) изменила конфигурацию активного центра таким образом, что аминокислота, находящаяся в 111-й позиции, оказалась рядом с уникальной гидроксильной группой кортизола, которая отсутствует у других стероидных гормонов. Вторая замена произошла как раз в 111-й позиции и привела к тому, что молекула кортизола стала прикрепляться к активному центру рецептора дополнительной водородной связью. В дальнейшем произошло еще три замены, которые усилили новую функцию ГР (избирательное связывание кортизола), снизив его сродство к минералокортикоидам. У этих трех замен, однако, был вредный побочный эффект: они снизили стабильность пространственной конфигурации белка. Чтобы они смогли зафиксироваться, должно было произойти еще две замены, которые авторы назвали «разрешающими» — в том смысле, что они сгладили вредные эффекты других замен и позволили им закрепиться.
Таким образом, для смены функции ГР понадобилось семь аминокислотных замен — две «ключевые», три «оптимизирующие» и две «разрешающие». Эксперименты подтвердили, что, если внести в белок AncGR1 соответствующие семь изменений, белок приобретает новую функцию: начинает избирательно связывать кортизол и перестает реагировать на минералокортикоиды. Такой белок (AncGR1 с семью заменами) функционирует почти так же, как AncGR2, который, как мы помним, отличается от AncGR1 не семью, а 37 заменами. Остальные 30 замен либо являются нейтральными, либо чуть-чуть оптимизируют белок.
