Александр Марков - Эволюция. Классические идеи в свете новых открытий
Что же произошло с генами DFR-A и DFR-C? Очевидно, они вовсе отказались от старой функции (работы с флавоноидами) и посвятили себя выполнению новой. Если замена аспарагина на аспарагиновую кислоту была компромиссным решением, позволявшим кое-как совместить обе функции в одном белке, то можно предположить, что у DFR-A и DFR-C аспарагиновая кислота заменится на что-то еще, но только не на аспарагин. Так и произошло. У разных видов ипомей в белке DFR-A 133-ю позицию занимают разные аминокислоты, а в белке DFR-C здесь всегда стоит изолейцин, что лишает белок способности работать с флавоноидами.
Хотя в этом исследовании осталась досадная «дырка» — так и не удалось узнать, в чем же состоит новая функция белков DRF, — тем не менее результаты показывают, что имел место именно уход от адаптивного конфликта, а не неофункционализация. Ген DRF стал бифункциональным задолго до дупликации. Дупликация позволила разделить функции между копиями, снять адаптивный конфликт и оптимизировать каждый ген для выполнения какой-то одной функции.
В конце статьи авторы делают важное замечание. Они указывают, что в случае ухода от адаптивного конфликта по сравнению с неофункционализацией выше вероятность сохранения «лишних» копий гена после дупликации. Ведь если дуплицированный ген выполнял две функции еще до дупликации, то процесс разделения функций может быть инициирован многими разными мутациями в любой из двух копий. Случайные мутации с большей вероятностью могут чуть-чуть усилить одну из существующих функций белка, чем создать совсем новую.
С этих позиций легче понять результаты других исследований, в том числе данные о двух полногеномных дупликациях, произошедших на заре эволюции позвоночных.
Секретный код позвоночных выдал ланцетник
Ланцетник (Branchiostoma) — хрестоматийный пример живого ископаемого, т. е. мало изменившегося потомка очень древнего предка. Ланцетника называют живой схемой хордового животного. Это маленькое червеобразное существо большую часть времени проводит, зарывшись в грунт и отфильтровывая пищевые частицы из морской воды. Вода входит в рот, а выходит через жаберные щели, соединяющие полость глотки с окружающей средой. Ланцетник удивительно похож на ранние стадии эмбрионального развития позвоночных. Это было замечено еще в XIX веке эмбриологом А. О. Ковалевским (1840–1901). Как и у зародышей позвоночных, у ланцетника есть спинная струна — хорда, спинная нервная трубка, жаберные дуги, сердце на брюшной стороне тела и другие характерные признаки, доказывающие его родство с позвоночными.
Тип хордовых делится на три подтипа: головохордовые (единственным представителем которых является ланцетник), оболочники (асцидии, сальпы, аппендикулярии) и позвоночные. Родственные связи подтипов до недавних пор оставались не совсем ясными. Одни эксперты считали, что ланцетник ближе к позвоночным, чем оболочники, другие утверждали, что ближайшими родственниками позвоночных являются оболочники. Впрочем, по поводу того, как примерно выглядел общий предок хордовых, особых разногласий нет уже со времен Ковалевского. Это было червеобразное животное с хордой, спинной нервной трубкой и жаберными щелями, сходное с ланцетником, личинками оболочников и пескоройками — личинками миног. Выводы сравнительной анатомии и эмбриологии подкрепляются палеонтологическими данными: отпечатки примитивных хордовых животных, напоминающих ланцетника, обнаружены в отложениях кембрийского возраста. Как раз в это время и должны были жить формы, близкие к общему предку трех современных подтипов.
В последнее время для выяснения спорных вопросов ранней эволюции хордовых активно привлекаются молекулярногенетические данные. Сначала работали с отдельными генами, потом в распоряжении ученых оказались полные тексты геномов различных позвоночных, а затем и оболочников. Эволюционные деревья постепенно становились все более точными. Однако для окончательного решения ряда вопросов не хватало генома ланцетника. Наконец в 2008 году он был прочтен (Putnam et al., 2008).
Размер генома ланцетника — 520 млн пар нуклеотидов (в шесть раз меньше, чем у человека); в нем содержится 21 900 белок-кодирующих генов (у человека — примерно столько же); мобильные генетические элементы составляют 30 % генома (у человека — свыше 50 %).
Ланцетники, как выяснилось, генетически очень разнообразны. Парные хромосомы, которые изученный ланцетник получил от отца и матери, различаются по своим нуклеотидным последовательностям на 3,7 % (если учитывать только нуклеотидные замены; вставки и выпадения нуклеотидов добавляют еще 6,8 % различий). Это значит, что родители этого ланцетника генетически отличались друг от друга втрое сильнее, чем человек от шимпанзе, и в десятки раз сильнее, чем отличаются друг от друга представители человеческих рас и народов. Высокий полиморфизм, скорее всего, объясняется тем, что численность популяции, к которой принадлежал исследованный ланцетник, оставалась очень высокой в течение долгого времени. Ланцетники действительно являются массовыми животными. В Китае, например, их гребут лопатами (в буквальном смысле), промывают от песка и варят суп.
Прочтенный геном ланцетника сыграл роль последнего недостающего фрагмента в сложной головоломке родственных отношений вторичноротых животных (к вторичноротым относят хордовых, полухордовых и иглокожих). До его прочтения эволюционное дерево вторичноротых сохраняло долю неопределенности. Но теперь, похоже, для сомнений больше не осталось места. Авторы использовали для построения дерева 1090 генов, общих для всех животных, — больше просто некуда. И дерево получилось весьма устойчивым (каждая точка ветвления имеет очень высокую «статистическую поддержку»). Поэтому можно уверенно сказать, что дерево, показанное на рисунке, уже не будет в дальнейшем меняться. Это окончательное эволюционное дерево вторичноротых, показывающее (даже страшно вымолвить!) истинный ход их эволюции.
Вторичноротые сначала разделились на хордовых и предков иглокожих и полухордовых. От эволюционного ствола хордовых первыми отделились предки ланцетника и только потом — предки оболочников. Таким образом, оболочники все-таки оказались более близкими родственниками позвоночных, чем ланцетник. Зато ланцетник подтвердил свое право на почетное звание самого примитивного хордового (точнее, как сейчас принято говорить, раньше всех ответвившегося).
Еще в 1970 году американский биолог Сусуму Оно, автор монографии «Эволюция путем дупликации генов» (Ohno, 1970), предположил, что на заре эволюции хордовых их геном подвергся одной или двум дупликациям. Избыточность генома резко возросла, «лишние» гены получили возможность эволюционировать в новых направлениях, что открыло позвоночным путь к созданию сложных адаптаций.
Ланцетник — «живая упрощенная схема хордового животного».
Гипотеза Оно сначала основывалась на скудных фактах, но постепенно появлялись все новые аргументы в ее пользу. В итоге она стала почти общепризнанной, но не хватало решающего доказательства. Ученые возлагали надежды на геномы оболочников, но тут их постигло разочарование. Оказалось, что молекулярная эволюция оболочников протекала исключительно бурно (это видно, в частности, по длине соответствующих веточек на рисунке). В результате геномы оболочников оказались очень сильно перемешаны. Гены оболочников так часто переходили с места на место, с одной хромосомы на другую, что от исходного порядка расположения генов в хромосомах мало что осталось. Между тем для решения вопроса о том, были ли в эволюции хордовых геномные дупликации, необходим анализ «групп сцепления» — длинных участков ДНК, содержащих сходные наборы генов у разных животных. Хромосомы в ходе эволюции рвутся, склеиваются и обмениваются участками, но отдельные кусочки, в том числе довольно длинные, могут сохраняться в относительной целости сотни миллионов лет. Сопоставляя геном ланцетника с геномами позвоночных, ученым удалось реконструировать 17 «исходных групп сцепления», которые соответствуют 17 хромосомам общего предка хордовых. Это означает, что у ланцетника нашлись такие группы генов, которые расположены сходным образом и у позвоночных. Это следы того исходного порядка, в котором гены располагались у последнего общего предка хордовых.
Пескоройка — личинка миноги — представляет собой, как и ланцетник, живую упрощенную схему типичного хордового. Она не сосет кровь у рыб, как многие взрослые миноги, а фильтрует воду через жаберные щели, подобно ланцетнику.
Как и следовало ожидать, каждая из 17 предковых хромосом превратилась в геноме его потомков (в том числе человека) в набор обрывков, рассеянных по разным хромосомам. Теперь мы подошли к самому главному. Оказалось, что каждый из 17 наборов в свою очередь подразделяется на четыре части. Например, набор, соответствующий предковой хромосоме № 8, в геноме человека состоит из девяти фрагментов ДНК. Они подразделяются на четыре группы (в трех группах по два фрагмента, в четвертой — три). Если сравнить между собой этих четыре группы фрагментов, то выясняется, что многие гены представлены в нескольких из них в виде паралогов (или паралогичных генов), по одному паралогу в группе. Паралогичные гены — это родственные гены, когда-то произошедшие от общего гена-предка в результате дупликации. Таким образом, каждая предковая хромосома превратилась в геноме позвоночных в четыре сходные между собой группы фрагментов ДНК. Сходство заключается в том, что если в одной группе есть какой-то ген, то в трех других с высокой вероятностью найдутся его паралоги. Это можно объяснить только тем, что на ранних этапах эволюции позвоночных действительно произошло учетверение генома — две последовательные дупликации. Гипотезу Оно, высказанную более 40 лет назад, наконец можно считать доказанной.
