Евгений Кунин - Логика случая. О природе и происхождении биологической эволюции

Wang, Z., and J. Zhang. (2009) Why Is the Correlation Between Gene Importance and Gene Evolutionary Rate So Weak? PLoS Genet 5: e1000329.

Watson, J. D., and F. H. Crick. (1953a) Genetical Implications of the Structure of Deoxyribonucleic Acid. Nature 171: 964–967.

Watson, J. D., and F. H. Crick. (1953b) Molecular Structure of Nucleic Acids; a Structure for Deoxyribose Nucleic Acid. Nature 171: 737–738.

Watts, D. J. (2004) Six Degrees: The Science of a Connected Age. New York: W. W. Norton & Co.

Weinberg, S. (1994) Dreams of a Final Theory: The Scientist’s Search for the Ultimate Laws of Nature. New York: Vintage.

Weinreich, D. M., N. F. Delaney, M. A. Depristo, and D. L. Hartl. (2006) Darwinian Evolution Can Follow Only Very Few Mutational Paths to Fitter Proteins. Science 312: 111–114.

Weissmann, A. (1893) The Germ-Plasm. A Theory of Heredity. London: Charles Scribner’s Sons.

Whitehead, D. J., C. O. Wilke, D. Vernazobres, and E. Bornberg-Bauer. (2008) The Look-Ahead Effect of Phenotypic Mutations. Biol Direct 3: 18.

Wilke, C. O., J. L. Wang, C. Ofria, R. E. Lenski, and C. Adami. (2001) Evolution of Digital Organisms at High Mutation Rates Leads to Survival of the Flattest. Nature 412: 331–333.

Wilson, A. C., S. S. Carlson, and T. J. White. (1977) Biochemical Evolution. Annu Rev Biochem 46: 573–639.

Wochner, A., J. Attwater, A. Coulson, and P. Holliger. (2011) Ribozyme-Catalyzed Transcription of an Active Ribozyme. Science 332: 209–212.

Woese, C. (1967) The Genetic Code. New York: Harper & Row.

Woese, C. (1998) The Universal Ancestor. Proc Natl Acad Sci USA 95: 6,854—6,859.

Woese, C. R. (1987) Bacterial Evolution. Microbiol Rev 51: 221–271.

Woese, C. R. (2002) On the Evolution of Cells. Proc Natl Acad Sci USA 99: 8,742—8,747.

Woese, C. R., and G. E. Fox. (1977) The Concept of Cellular Evolution. J Mol Evol 10: 1–6.

Woese, C. R., and N. Goldenfeld. (2009) How the Microbial World Saved Evolution from the Scylla of Molecular Biology and the Charybdis of the Modern Synthesis. Microbiol Mol Biol Rev 73: 14–21.

Woese, C. R., O. Kandler, and M. L. Wheelis. (1990) Towards a Natural System of Organisms: Proposal for the Domains Archaea, Bacteria, and Eucarya. Proc Natl Acad Sci USA 87: 4,576—4,579.

Wohlgemuth, I., M. Beringer, and M. V. Rodnina. (2006) Rapid Peptide Bond Formation on Isolated 50s Ribosomal Subunits. EMBO Rep 7: 699–703.

Wolf, Y. I., L. Aravind, N. V. Grishin, and E. V. Koonin. (1999a) Evolution of Aminoacyl-tRNA Synthetases – Analysis of Unique Domain Architectures and Phylogenetic Trees Reveals a Complex History of Horizontal Gene Transfer Events. Genome Res 9: 689–710.

Wolf, Y. I., S. E. Brenner, P. A. Bash, and E. V. Koonin. (1999b) Distribution of Protein Folds in the Three Superkingdoms of Life. Genome Res 9: 17–26.

Wolf, Y. I., L. Carmel, and E. V. Koonin. (2006) Unifying Measures of Gene Function and Evolution. Proc Biol Sci 273: 1,507—1,515.

Wolf, Y. I., I. V. Gopich, D. J. Lipman, and E. V. Koonin. (2010) Relative Contributions of Intrinsic Structural-Functional Constraints and Translation Rate to the Evolution of Protein-Coding Genes. Genome Biol Evol 2: 190–199.

Wolf, Y. I., and E. V. Koonin. (2007) On the Origin of the Translation System and the Genetic Code in the RNA World by Means of Natural Selection, Exaptation, and Subfunctionalization. Biol Direct 2: 14.

Wolf, Y. I., P. S. Novichkov, G. P. Karev, E. V. Koonin, and D. J. Lipman. (2009) The Universal Distribution of Evolutionary Rates of Genes and Distinct Characteristics of Eukaryotic Genes of Different Apparent Ages. Proc Natl Acad Sci USA 106: 7,273—7,280.

Wolf, Y. I., I. B. Rogozin, N. V. Grishin, and E. V. Koonin. (2002) Genome Trees and the Tree of Life. Trends Genet 18: 472–479.

Wolf, Y. I., I. B. Rogozin, A. S. Kondrashov, and E. V. Koonin. (2001) Genome Alignment, Evolution of Prokaryotic Genome Organization, and Prediction of Gene Function Using Genomic Context. Genome Res 11: 356–372.

Woods, R. J., J. E. Barrick, T. F. Cooper, U. Shrestha, M. R. Kauth, and R. E. Lenski. (2011) Second-Order Selection for Evolvability in a Large Escherichia Coli Population. Science 331: 1,433—1,436.

Woodson, S. A. (2010) Taming Free Energy Landscapes with RNA Chaperones. RNA Biol 7: 38–47.

Wozniak, R. A., and M. K. Waldor. (2010) Integrative and Conjugative Elements: Mosaic Mobile Genetic Elements Enabling Dynamic Lateral Gene Flow. Nat Rev Microbiol 8: 552–563.

Wright, G. D. (2007) The Antibiotic Resistome: The Nexus of Chemical and Genetic Diversity. Nat Rev Microbiol 5: 175–186.

Wu, D., S. C. Daugherty, S. E. Van Aken, G. H. Pai, K. L. Watkins, H. Khouri, L. J. Tallon, J. M. Zaborsky, H. E. Dunbar, P. L. Tran, N. A. Moran, and J. A. Eisen. (2006) Metabolic Complementarity and Genomics of the Dual Bacterial Symbiosis of Sharpshooters. PLoS Biol 4: e188.

Wunderlich, Z., and L. A. Mirny. (2009) Different Gene Regulation Strategies Revealed by Analysis of Binding Motifs. Trends Genet 25: 434–440.

Yang, D., Y. Oyaizu, H. Oyaizu, G. J. Olsen, and C. R. Woese. (1985) Mitochondrial Origins. Proc Natl Acad Sci USA 82: 4,443—4,447.

Yang, Z. (2007) Paml 4: Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood. Mol Biol Evol 24: 1,586—1,591.

Yarus, M. (1998) Amino Acids as RNA Ligands: A Direct-RNA-Template Theory for the Code’s Origin. J Mol Evol 47: 109–117.

Yarus, M., J. G. Caporaso, and R. Knight. (2005) Origins of the Genetic Code: The Escaped Triplet Theory. Annu Rev Biochem 74: 179–198.

Yarus, M., J. J. Widmann, and R. Knight. (2009) RNA – Amino Acid Binding: A Stereochemical Era for the Genetic Code. J Mol Evol 69: 406–429.

Yooseph, S., G. Sutton, D. B. Rusch, A. L. Halpern, S. J. Williamson, K. Remington, J. A. Eisen, K. B. Heidelberg, G. Manning, W. Li, L. Jaroszewski, P. Cieplak, C. S. Miller, H. Li, S. T. Mashiyama, M. P. Joachimiak, C. van Belle, J. M. Chandonia, D. A. Soergel, Y. Zhai, K. Natarajan, S. Lee, B. J. Raphael, V. Bafna, R. Friedman, S. E. Brenner, A. Godzik, D. Eisenberg, J. E. Dixon, S. Taylor, R. L. Strausberg, M. Frazier, and J. C. Venter. (2007) The Sorcerer Ii Global Ocean Sampling Expedition: Expanding the Universe of Protein Families. PLoS Biol 5: e16.

Yutin, N., K. S. Makarova, S. L. Mekhedov, Y. I. Wolf, and E. V. Koonin. (2008) The Deep Archaeal Roots of Eukaryotes. Mol Biol Evol 25: 1,619—1,630.

Yutin, N., M. Y. Wolf, Y. I. Wolf, and E. V. Koonin. (2009) The Origins of Phagocytosis and Eukaryogenesis. Biol Direct 4: 9.

Zhang, Y., C. Laing, M. Steele, K. Ziebell, R. Johnson, A. K. Benson, E. Taboada, and V. P. Gannon. (2007) Genome Evolution in Major Escherichia Coli O157:H7 Lineages. BMC Genomics 8: 121.

Zuckerkandl, E., and L. Pauling. (1965). Evolutionary Divergence and Convergence of Proteins in Bryson, V., and H. J. Vogel (eds). Evolving Genes and Proteins. New York: Academic Press, pp. 97—166.

Благодарности

Раздел благодарностей – непременная часть любой книги, и ни одна стоящая научная идея, гипотеза или обобщение не родится в одиноком уме. Наука процветает лишь в сообществе ученых, и написать нечто достойное чтения возможно, лишь будучи подключенным к этому сообществу. С одной стороны, сочинение раздела благодарностей должно быть легким делом, потому что он в той или иной степени стандартен и формален; с другой же, эта задача не проста, ибо в работу и стиль мышления автора внесли свой разнообразнейший вклад столь многие коллеги и друзья, пусть даже и не помогая непосредственным образом в работе над этой книги. Я постараюсь упомянуть их всех, не вдаваясь при этом в чрезмерные тонкости.

Эта книга не могла бы быть завершена, если бы не великодушная помощь и поддержка Юрия Вольфа, моего давнего сотрудника и соавтора нескольких работ, основополагающих для развиваемой здесь концепции. Юрий не только прочитал текст целиком, предложил важные поправки и внес ценные предложения, но и подготовил многие иллюстрации. Трое других близких и давних сотрудников, Валерьян Доля, Билл Мартин и Татьяна Сенкевич (моя жена), прочитали всю рукопись и сделали многочисленные полезные замечания. Я хотел бы особо поблагодарить нескольких коллег и друзей, которые, на разных этапах моей научной работы, были не только наставниками или сотрудниками, но и источником интеллектуального вдохновения, повлияли на мое становление как исследователя и без чьей поддержки, мудрых советов и критики у меня не было бы ни стимула, ни возможности даже начать эту книгу. Это Вадим Израйлевич Агол (мой учитель в области вирусологии), Александр Евгеньевич Горбаленя (старший коллега по первой работе в сравнительной геномике), Л. Аравинд, Пеер Борк, Андрей Гудков, Валерьян Доля, Джим Каррингтон, Алексей Кондрашов, Дэвид Липман, Билл Мартин, покойный Александр Александрович Нейфах (младший), Павел Певзнер, Дидье Рауль, Патрик Фортер и Константин Чумаков. Беседы с У. Фордом Дулитлом и Майклом Линчем о эволюции геномов, Аланом Драммондом и Клаусом Вильке о эволюции белков, Сергеем Масловым, Эриком Ван Нимвегеном и Михаэлем Лассигом о физико-статистическом подходе к эволюции и Александром Виленкиным о космологии были неоценимо важны для всего моего образа мышления.

Я признателен бывшим и нынешним членам моей исследовательской группы за существенный вклад в те исследования, что были рассмотрены в этой книге, и многие другие проекты, которых у меня не было возможности коснуться: Лакшу Айяру, Вивеку Анантараману, Соне Васудеван, Максиму Вольфу, Михаилу Гальперину, Николаю Гришину, И. Кингу Джордану, Георгию Кареву, Лирану Кармелю, Федору Кондрашову, Дэвиду Кристенсену, Александру Лобковскому, Радже Мазумдеру, Кире Макаровой, Давиду Манагадзе, Бену Мансу, Сергею Мехедову, Аркадию Мушегяну, Анастасии Никольской, Павлу Новичкову (также за помощь с рис. 7–2), Артему Новожилову, Марине Омельченко, Перу Пуиджбо (также за большую помощь с рисунками к главе 6), Алисе Реш, Игорю Рогозину, Александру Свердлову, Алексею Спиридонову, Николаю Спиридонову, Нобуто Такэути, Роману Татузову, Рональду Уокеру, Панаиотису Цапарасу, Диане Черниковой, Светлане Шабалиной, Наталье Ютиной и Итаи Янаи. С не меньшей признательностью благодарю за ценный вклад сотрудников по коллективной работе и гостей моей группы Стивена Альтшуля, Одеда Беджу, Стивена Белла, Стэна Брунса, Тал Даган, Майкла Дели, Эда Де Лонга, Вишву Диксита, Михаила Гельфанда, Мартина Гюйнена, Детлефа Ляйпе, Леонардо Мартиньо-Рамиреса, Бориса Миркина, Андрея Миронова, Бернарда Мосса, Армена Мулкиджаняна, Джона ван дер Оста, Люку Пеллегрини, Криса Понтинга, Давида Прангишвили, Тересу Пшитицкую, Михаила Ройтберга, Кена Радда, Алексея Савченко, Ласло Секея, Шамиля Сюняева, Дэна Хартла, Миклоша Чюроша (также за помощь с рис. 7–8), Эву Шабарку, Фреда Антсона, Александра Якунина и Вэй Ян.